Bahagian Kewarganegaraan bertanggungjawab: -

1. Memproses permohonan taraf kewarganegaraan di bawah Pekara 15(1), 15(2), 15A, 16, 19 dan Perkara 30 Perlembagaan Persekutuan.
2. Menerima dan memproses permohonan Pengesahan Taraf Kewarganegaraan (PTW) dan Pendaftaran Kelahiran Kanak-kanak di Luar Persekutuan (Borang H) di bawah Perkara 14 Perlembagaan Persekutuan.
3. Mewujudkan dan mengesahkan rekod kewarganegaraan.
4. Memproses dan mempertimbangkan permohonan Pembetulan Butiran dalam daftar kewarganegaraan dan pengeluaran keputusan carian, cabutan, salinan sah dan gantian sijil kewarganegaraan.
5. Menerima dan memproses permohonan pelepasan taraf kewarganegaraan di bawah Perkara 23 Perlembagaan Persekutuan.
6. Melaksanakan proses pelucutan kewarganegaraan di bawah Perkara 24, 25, 26, dan 26A Perlembagaan Persekutuan.

Bahagian Pengurusan Sumber Manusia bertanggungjawab dalam aspek pembangunan organisasi, pengurusan personel dan pembangunan sumber manusia di JPN. Selain itu BSM turut bertanggungjawab merancang, menyelaras dan melaksanakan program psikologi dan kaunseling , Pengurusan pusat sumber dan juga Majlis Bersama Jabatan (MBJ).
Terdapat empat seksyen/unit:

1. Cawangan Pembangunan Modal Insan
2. Cawangan Prestasi dan Kemajuan Kerjaya
3. Cawangan Pembangunan Organisasi
4. Cawangan Pengurusan Perkhidmatan dan Personal

Bahagian Kewangan dan Pembangunan adalah bahagian yang bertanggungjawab merancang,melaksanakan dasar-dasar pengurusan belanjawan, mengkaji, menyediakan anggaran perbelanjaan JPN. Bahagian ini turut bertanggungjawab menyelaras perolehan-perolehan di JPN dan menguruskan hal kewangan seperti pengurusan pembayaran gaji/elaun dan tuntutan perjalanan kakitangan JPN, memproses pembayaran ke atas barangan dan perkhidmatan dari bahagian - bahagian di JPN.
Terdapat beberapa unit;

• Unit Pentadbiran
• Unit Pembangunan
• Unit Perolehan ICT
• Unit Perolehan
• Unit Bajet
• Unit Hasil
• Unit Bayaran
• Unit Emolumen

Bahagian MEKAR dan Korporat merupakan satu Bahagian baharu di JPN, yang diwujudkan pada Tahun 2023 dengan mengabungkan dua unit sedia ada iaitu Unit MEKAR dari Bahagian Kad Pengenalan dan; Unit Komunikasi Korporat. Bahagian ini bertanggungjawab untuk merancang, menyelaras dan memantau pelaksanaan program MEKAR di semua JPN.

Selain itu semua peranan komunikasi Korporat juga diselaraskan oleh Bahagian ini.
Terdapat dua seksyen/unit:;

• Unit MEKAR
• Unit Komunikasi korporat

Bahagian Siasatan dan Penguatkuasaan (BSK) adalah bahagian yang bertanggungjawab menjalankan siasatan ke atas kes-kes yang menyalahi akta dan peraturan JPN. Bahagian ini juga menjalankan risikan dan intipan terhadap aduan penyalahgunaan kad pengenalan dan dokumen JPN serta operasi penguatkuasaan di lapangan seterusnya membuat tangkapan dan pendakwaan di mahkamah.
Selain itu, bahagian ini juga melakukan pengesahan biometrik pengawal keselamatan, mengeluarkan Surat Pemberian Kuasa Kebenaran Pengemukaan dan Pemeriksaan Kad Pengenalan, membekalkan rekod individu dan keluarga kepada agensi-agensi penguatkuasaan diMalaysia.

Terdapat tiga (3) seksyen di bawah BSK seperti berikut;

1. Seksyen Korporat, Pentadbiran, Kaunter dan Rekod
2. Seksyen Siasatan dan Aduan
3. Seksyen Operasi dan Pendakwaan

Bahagian Pengurusan Teknologi Maklumat dan Komunikasi (BTM) adalah bahagian yang bertanggungjawab menyediakan perkhidmatan teknologi maklumat dan komunikasi (ICT) untuk kegunaan JPN dan agensi luar yang berkaitan mengikut perkembangan teknologi dan keperluan semasa selaras dengan aktiviti bisnes utama JPN.

Terdapat empat (4) seksyen di bawah BTM seperti berikut;

1. Seksyen Teknikal Dan Keselamatan
2. Seksyen Pusat Data Dan Percetakan Kad
3. Seksyen Aplikasi Bisnes Utama
4. Seksyen Perancangan Strategik ICT dan Aplikasi Generik